První písemná zmínka o Němčicích pochází z roku 1131.

Němčice patřily k panství kojetínskému, od roku 1960 se staly součástí okresu Prostějov a od roku 2001 kraje Olomouckého.

Císař Ferdinand Habsburský povýšil roku 1563 ves Němčice na městečko.
Roku 1970 byly Němčice nad Hanou povýšeny na město.