Vzniká soutokem Modravského a Roklanského potoka v blízkosti obce Modrava v Šumavských pláních. Teče stále severním směrem a končí po necelých 12 km soutokem s Křemelnou: spojený tok nese jméno Otava. Plocha povodí měří 146 km2. Délka sjížděného úseku je 6 km.

Vydra je velmi obtížná a nebezpečná horská bystřina. Její sjízdná horní část vede nehlubokým údolím s místy zalesněnými svahy. Ve druhé polovině toku Vydra proudí prohlubujícím se údolím a její spád se ještě zvětšuje. Koryto je plné velkých kamenů, splutí mohou absolvovat jen špičkoví jezdci s dokonalou výzbrojí.